故事从元治元年（1864年）3月的京都开始。
双亲被长州藩士所杀，一心想要变强、报仇的15岁少年市村铁之助敲响了新选组的大门——他想要加入新选组。而他的哥哥辰之助刚刚被作为会计录用。可是因为矮小的身材和恶劣的态度，铁之助受到了冷遇。这时，他遇到了一位自称在新选组中“有熟人”，可以帮助他的青年——后来才知道，那人竟是新选组一番队队长、天才剑士冲田总司。经过与冲田总司比武等一系列波折之后，铁之助总算加入了新选组，但是居然是作为“魔鬼副长”土方岁三的侍童（小姓），这令铁之助十分不满。
在那里，铁之助认识了各种各样的队士，也渐渐习惯了组里的生活，还对花街岛原的少女沙夜有所倾心。直到有一天，尊王攘夷派的长州藩士吉田稔磨引起了在城镇中放火的骚动。铁之助遇到了一名叫北村铃的少年，他是吉田稔磨的侍童，几次见面后两人成了朋友，但是在这个混乱的时代，立场不同的两人的未来将会如何……
另一方面，当初反对铁之助入队的哥哥辰之助也在为铁之助而苦恼着。此外，土方岁三和山南敬助的争执，冲田总司病魔阴影下的隐忍，彼此的想法交织在一起，心中的雾霭从未消除......
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